ZEF deckt drei Forschungsbereiche ab, die in interdisziplinären Forschungsprojekten behandelt werden und womit eine breite, integrierte Sichtweise in der Entwicklungsforschung gegeben ist. Die Forschungsprogramme bauen auf Methoden und analytischen Ansätzen disziplinärer Forschungsgebiete auf und verbinden und integrieren Wissen aus diesen Gebieten. Die drei Forschungsabteilungen des ZEF sind: Politischer und Kultureller Wandel, Wirtschaftlicher und Technologischer Wandel, Ökologie und Management natürlicher Ressourcen. Für Fragen der Bioökonomie ist ZEFs Forschung zu Landnutzung und Ernährungssicherung, Wasser, landwirtschaftliche Systeme, nachhaltige Energie, Biodiversität, Klima, Wissenschaftspolitik, Ökonomik von Food und Landwirtschaft sowie Handel und Biomasse besonders wichtig.