Die wichtigsten Forschungsschwerpunkte des Instituts umfassen die mikrobielle Produktion von organischen Verbindungen zum Einsatz in der chemischen und pharmazeutischen Industrie. Zudem liegt ein weiterer Schwerpunkt in der Entwicklung von Methoden zur Herstellung von Lebensmittelzusatzstoffen.
Prof. Dr. U. Deppenmeier war Projektleiter im Rahmen des Boost-Verbundprojekts „Glufact“. Das Forschungsprojekt behandelte die Analyse von membrangebundenen Dehydrogenasen aus Bakterien für die Produktion von Feinchemikalien. Zusammen mit den Projektpartnern Prof. M. Bott (FZ Jülich) und Prof. J. Büchs RWTH Aachen) wurden im Rahmen dieses Projekts die Grundlagen für ein BMBF-gefördertes Nachfolgeprojekt gelegt, dass sich mit der Synthese von Präbiotika und kalorienarmen Süßstoffen befassen wird. Zudem ist aus dem Verbund eine Patentanmeldung (Methods of producing 5-ketofructose) hervorgegangen.